Obraz ten, stworzony dla kaplicy kardynała Mattea Contarellego, od samego początku stanowił dla Caravaggia problem. Była to jego pierwsza kompozycja wielopostaciowa, w której wykazać się musiał nie tylko talentem, ale też wiedzą na temat tak zwanego malarstwa historycznego – od czasów renesansu najbardziej cenionego i prestiżowego gatunku tej dziedziny sztuki. Stworzyć miał wpisującą się w jego tradycję scenę robiącą wrażenie realistycznej, a jednocześnie niosącej przesłanie moralne. Musiał też pokazać wprawę w budowaniu przestrzeni architektonicznej i tak powiązać przedstawione postacie, aby wzbudzały w nas uczucia wzniosłe i przejmujące. By taki cel osiągnąć, Rafael – najdoskonalszy przedstawiciel tego typu malarstwa prawie sto lat wcześniej – potrzebował setek rysunków i studiów, a Caravaggio? Nie znamy jego prac przygotowawczych do obrazu, a sposób malowania tego twórcy był dość prosty – alla prima. Prosto na obraz przenosił on wszystko, co dyktowała mu wyobraźnia, a modelami byli na ogół znajomi. Dodatkowy problem stanowiło dla artysty grono zleceniodawców, a równocześnie wykonawców testamentu kardynała Contarellego, który dokładnie opisał, co powinny przedstawiać sceny zdobiące jego pośmiertną kaplicę. Scenę męczeństwa swego patrona pragnął on widzieć w świątyni, podczas odprawiania mszy, z apostołem upadającym na schody w gromadzie przerażonych postaci. Dzięki zdjęciom rentgenowskim wiemy, że zanim doszło do stworzenia płótna, które dzisiaj możemy podziwiać w kaplicy, Caravaggio skomponował inną scenę – bardziej statyczną i z architekturą w tle. Jednak koncepcja ta najwyraźniej go nie zadowoliła. Rozczarowany i zdesperowany poddawał obraz przeróbkom i poprawkom, aż w końcu porzucił go i zajął się malowaniem drugiej sceny dla tejże kaplicy – Powołania świętego Mateusza. Po jej udanym ukończeniu artysta powrócił do zaczętego Męczeństwa. Zmienił jednak w obrazie wszystko. Zrezygnował z architektury, zredukował ilość postaci i nadał scenie więcej życia i dynamiki.

Płótno obrazuje – tak jak pragnął tego zmarły kardynał – moment śmierci Mateusza na dworze etiopskiego króla Hirtakusa. Bezpośrednim powodem napaści na apostoła stała się postawa narzeczonej króla, Ifigenii, która za sprawą Mateusza nawróciła się na chrześcijaństwo, odrzucając tym samym zaloty władcy – chciała bowiem żyć w czystości i poświęceniu dla Chrystusa. Sam atak półnagiego oprawcy na bezbronnego Mateusza ma miejsce w momencie, gdy ten odprawia mszę przed ołtarzem. Towarzyszą mu prawie półnadzy mężczyźni – zapewne neofici pragnący dostąpić chrztu, przerażony ministrant i postacie wyłaniające się z ciemnego tła, na których twarzach rysuje się groza. Ale elementem równie ważnym jest budujący nastrój niesamowitości silny światłocień i to za jego pomocą artysta wyraża intensywność i dramaturgię zdarzenia. Czujemy zagęszczoną, parną atmosferę, w jakiej rozgrywają się wypadki. Podkreśla ją również – namalowany – przeraźliwy krzyk wydobywający się z ust ministranta, nadający scenie dodatkowo walor akustyczny – przeszywa on obraz, docierając do widza.

Pierwszy plan kompozycji zamknięty jest w trójkącie, którego wierzchołek stanowi głowa oprawcy, i to on jest tak naprawdę główną postacią zdarzenia. Jego wygląd, strój sprowadzający się jedynie do opaski, może sugerować, że i on należał do grona neofitów, ale zamiast dołączyć do wyzwolonych z grzechu poprzez chrzest stał się jednym z przeniewierców. Artysta silnie oświetla jego nagie ciało i biel odzienia Mateusza, w symboliczny sposób akcentując dwa kontrastujące ze sobą światy – pogański i chrześcijański.

Gdy zwrócimy uwagę na grupę postaci po lewej, zauważymy wystrojonych młodzieńców, może tych samych, których Caravaggio umieścił w obrazie Powołanie św. Mateusza – tu przypatrują się scenie nieświadomi jej znaczenia. I, podobnie jak sam malarz, który sportretował się w tle, przerażeni czym prędzej uciekają z miejsca zdarzenia.

Moment brutalnego zabójstwa w świątyni ma wymiar symboliczny – jest atakiem na Eucharystię, dokonywanym przez pogan w zamierzchłych czasach, ale w czasach Caravaggiowi współczesnych zyskującym aktualność. W pamięci rzymian zapewne wciąż świeże było wspomnienie epizodu sprzed prawie dwudziestu lat, kiedy to pewien angielski protestant napadł na odprawiającego mszę księdza w bazylice św. Piotra. Tak oto w scenę tę wkrada się lęk przed innowiercami, którzy zostają utożsamieni z pogaństwem i zidentyfikowani z budzącą przerażenie brutalną egzekucją.

 
Męczeństwo św. Mateusza, Caravaggio, olej na płótnie, 340 x 322 cm, 1600 r., Cappella Contarelli, kościół San Luigi dei Francesi